館は、約400万年前に生まれた琵琶湖が移動した自然環境の大きな変化、人が住み始めて以降の湖と歴史、そして今の暮らしとの関わりを琵琶湖や世界の湖の生き物たちを展示紹介する。そして実際に、大水槽で琵琶湖の環境が再現され、生命循環の仕組を目にできる。そして、田んぼのナマズと同じく、人もこの循環の中で生きていることを実感する。

琶湖の自然に囲まれた水生植物園。四季を彩る草花が美しい「丘の上の花園」、水生植物と草花が織りなす幻想的な「花影の池」が見所。スイレンのコレクションは日本最多で、7月下旬には、ハス祭りが開催。ロータス館では、世界最大のスイレン・ギガンテアが冬でも観賞でき、ハスの生態や歴史を映像で紹介。日本で唯一沙羅双樹の花も見られる。　　

わ湖の湖南、草津市南部の丘陵地で7世紀後半から8世紀前半まで、半島渡来の須恵器が焼かれていた。1985年開窯のこの研究所は、1997年に草津市から「草津焼」の指定ブランドを受け、今、この地の土を使い、この地で新たなる意匠の草津焼を制作し、また陶芸講座及び訓練を行っている。芸術造形は、淡海・びわ湖の生命循環でもある。

津の夏の風物詩でもある烏丸半島の蓮が見頃を迎える時期の、7月下旬から8月初めに開催される熱気球の搭乗体験イベント。滋賀県立琵琶湖博物館近くの広場から、ドキドキしながらもふわりふわりと上昇し、琵琶湖が遠くまで見渡せる。