江八幡市の全長約5kmの運河、八幡堀は、琵琶湖につながる水路である。天正13（1585）年、豊臣秀次が琵琶湖近くの八幡山に城下町を整備したことに始まる。この水路は、昭和初期まで経済・流通路として活躍し、近江商人を生み出し、全国にその名が広まるように育てたのである。いわば近江商人も琵琶湖で育つアユ（鮎)と同じである。そして戦後陸上交通の発達で、水路が廃れたが、住民運動により残され文化遺産となる。　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　　　

琶湖の湖底には、別の時間、2000年以上前の遺跡が眠っていた。葛籠尾崎は琵琶湖北湖に突き出す半島で、地形は険しく、急な斜面で、深い湖底まで達する。周辺に土砂の堆積を招く河川はなく、太古の地形は変わらず、その湖底に遺跡が保全されていた。そこで発見された縄文、弥生の土器は、沈没船の搭載品のごとく、当時の色彩を失っていなかったのだ。なんと当時の作ったひとや使ったひとが見たものと同じものがわたしたたちも見える！　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

くの生命（いのち）や古代のひとが生きた証を保全する琵琶湖の不思議は、湖中にある。本館では、その不思議が見える。大水槽で、琵琶湖の有機的な連鎖が紹介される。更に琵琶湖は地殻変動で移動を繰り返し旅した湖。約400万年前に生まれた古琵琶湖地層から、古代、三重県にいた象の化石も発見。伊賀盆地で長年採集を続けた奥山茂美氏のコレクションも本館で展示紹介されている。象やナマズが、琵琶湖自身の400万年の生命を語る。