都東山区の南に位置し、本尊釈迦如来を祀り、建長7（1255）年に九条道家が作った京都五山第4位の寺院。寺名は奈良の東大寺と興福寺に由来し、当初は高さ15m、5丈の釈迦像を安置の予定だった。初代住職は、中国・宋で修行を終えた臨済宗の禅僧円滋（えんに）であり、日本の仏画や水墨画に大きな影響を与えた画僧、明兆（1352−1431）を輩出。

三寺は大阪の元実業家耕三寺耕三が、母の菩提追悼の思いを込め日本各地の寺社建築を手本に、繧繝模様や極彩色を採り入れて飾られた伽藍を建立。耕三寺博物館は、耕三寺耕三蒐集のコレクションを公開するため昭和28年に開館し、仏教・茶道・近代美術の名品を随時公開。耕三寺境内の裏手に広がる大理石彫刻庭園・未来心の丘も楽しめる。　　　　　　

町時代の趣を備えた約25000m2の広大な池泉廻遊式庭園で、赤松、五葉松に石組を配し、十余年の歳月をかけ完成した。園内には、アヤメ、スイレン、シャクナゲなどの花々が彩りを添え、野鳥の声を聴きながら景観を楽しめる。インドの洞窟や石窟の中で得た浄土観は、中国を経て日本に至り、景観や庭園で体観するものになった。解放された気を味わう。