戸時代、幕府の直轄地であった長崎奉行所立山役所の一部を、歴史資料や考証に基づき復元整備し、博物館として2005年に開館。近世長崎の海外交流史をテーマに、大航海時代、朝鮮、オランダ、中国との交流、長崎貿易などに関する長崎の歴史と文化を様々な角度から紹介している。奉行所ゾーンでは、犯科帳や踏絵などを展示するとともに、御白洲の情景を演出する寸劇を上演し、奉行所の歴史的役割をわかりやすく伝える。

永11（1636）年に、ポルトガル交易は、平戸から幕府直轄の長崎・出島に移り、寛永18（1641）年から、オランダ商館も移った。当館は、長崎にゆかりのある中国、ポルトガル関係資料や、発掘された考古資料、様々な出島文化の資料を展示紹介し、中国と西洋がちゃんぽんになった卓袱（しっぽく）料理や、子供も大人も愛した長崎古賀人形なども紹介する。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

005年に開館した当館は、江戸時代、外国への唯一の玄関口として発展した出島町にあり、長崎水辺の森公園に隣接し、長崎駅より徒歩15分の場所に位置する。スペイン特命全権公使であった須磨彌吉郎が、第二次大戦中に蒐集したコレクションを基礎として、ピカソ、ダリなど近現代を加えたスペイン美術や、長崎ゆかりの美術品を紹介する。屋上庭園からは長崎港を一望。　　

つて江戸の吉原、京の島原と並ぶ、日本三大花街のひとつだった長崎の丸山。「長崎ぶらぶら節」は、三味線にかけては長崎一といわれた芸者の愛八（松尾サダ）が、長崎学の基礎を築いた市井の郷土史研究家古賀十二郎の指導で発掘した民謡。昭和5年にレコード化。名曲「ぶらぶら節」を口ずさみながら、ぶらぶらと細い路地、古い石畳を小粋なまち歩きを楽しんでみては？