崎の外海町にあり、カトリック信仰を主題とする作品を多く著した作家遠藤周作の資料の収蔵展示と研究をテーマに、平成12（2000）年に開館。外海町は江戸時代、隠れキシタンの里で、遠藤周作の「沈黙」の舞台となる。「沈黙」は、島原の乱（1637−1638）の後に、日本に潜入したポルトガル人司祭を主人公とし、沈黙するのは神である。

崎県佐世保市の沖合、九十九島最大の島、黒島にある明治35年（1902）に建てられたロマネスク様式の天主堂。煉瓦造りと瓦葺きの平屋で、基礎に黒島特産の御影石が使われる。黒島は江戸時代、隠れキリシタンの里。天正15年（1587）にバテレン追放、10年後の禁教令と教徒処刑で信仰を指導する司祭はいなくなるが、信仰心だけが残った。

崎・五島列島の久賀島にある明治14（1881）年に建設された木造教会の聖堂。長崎では、大浦天主堂に次ぐ古い木造教会。五島列島には、作家遠藤周作の「沈黙」の舞台となった、長崎・外海町から迫害を逃れ、隠れキシタンが渡海した。開国し禁教令が解かれて、バチカンに認められなかった信者もいた。信仰と信仰心の違い。神は沈黙する。