本文化の形成をアジア史的観点から捉える博物館をテーマに、2005年に福岡・太宰府の太宰府天満宮の裏の丘陵地に建設され開館する。旧石器時代から近世末期の開国まで、日本文化の形成の歴史を解りやすく紹介展示する。16世紀の南蛮貿易を伝える屏風や南蛮蒔絵の名品を所蔵。そして当館の外観デザインは周囲の山並みにシンクロする現代建築。　

戸・旧外国人居留地に、1935年(昭和10)に造られた新古典主義建築の旧横浜正金銀行神戸支店を改修増築し、1982年(昭和57)に開館したミュージアム。正面のドリス様式の円柱が目を引く。国宝「桜ヶ丘銅鐸・銅戈」や歴史資料、南蛮・紅毛美術、古地図、ガラス資料など、約5万5千点の資料を所蔵する。（※2013年9月27日まで改修工事のため休館。）

賀・安土町下豊浦にあり、安土城や観音城などの城郭と琵琶湖湖南の遺跡などの考古をテーマに、1992年に開館したミュージアム。建物中央には、安土城天主最上層を模したドーム内部が展覧できるように設計されている。そのドーム様式は、ルソン島のマニラに残る世界遺産建築のスペインのイエスズ教会と同じく、現地化したバロック様式である。